中科院烟台海岸带研究所从2007年开始招收和培养研究生，目前全所在读研究生126人。在研究生规模扩大的同时，研究生的生源质量也迅速提高，2008年、2009年录取的研究生中211和985 院校生源比例明显增加；加强了研究生导师队伍建设，从而保证了研究生的培养质量。

在2009年度中国科学院有关研究生教育评奖中，研究所喜获丰收：博士生指导教师秦松荣获“朱李月华优秀教师”奖；2008级博士生丁家旺荣获“中国科学院院长优秀”奖；2007级博士生路延笃、王元娥和2008级博士生管博荣获“朱李月华优秀博士生”奖。另外，2008级博士生邸宝平的“烟台四十里湾海域浮游植物长周期动态变化”获2009年度中国科学院研究生科技创新专项资助。